东南大学地下工程系、岩土工程研究所作为交通学院下属机构，实行系、所、中心合一的管理体制，即：岩土工程研究所、地下工程系、东南大学城市地下空间研究中心，江苏省城市地下工程与环境安全重点实验室，江苏省高校优秀创新团队，研究所下设学科带头人、系主任、书记、所长、教学主任、办公室、实验室，并有产业服务机构;南京东大岩土工程勘察设计研究院有限公司。岩土工程研究所试验室负责全所实验设备的管理，承担实验教学任务和科研项目试验。

城市地下空间工程团队：

团队负责人：缪林昌教授、博导

成员：童立元教授     张国柱教授     李仁民正高     张林锋副研究员 

特殊路基与地基处理团队：

团队负责人：章定文教授、博导

成员：刘松玉教授     石名磊教授     朱志铎教授      杜广印教授      林文丽讲师      徐敬民讲师     

环境岩土工程团队：

团队负责人：杜延军教授、博导

成员：蒋宁俊教授       刘志彬教授       王菲教授       

固体废体物资源化团队：

团队负责人：邓永锋教授、博导

成员：洪振舜教授       丁建文教授  

岩土与地下工程智能测试团队：

团队负责人：刘松玉教授、博导

成员：蔡国军教授       方磊教授       刘文亮讲师       吴恺副教授       何欢副研究员